Խաչատուր Աբովյան մանկավարժի մասին գեղեցիկ հուշ է թողել Պերճ Պռոշյանը: Ինքը Աշտարակի գյուղական դպրոցի աշակերտ էր, որտեղ հետամնաց բարքեր էին, ընդունելի տարբերակ էր երեխաներին ծեծի ենթակելով դաս սովորեցնելը: Նույնիսկ երեխային վարժապետին հանձնելիս ծնողն ասում էր՝ «Միսը՝ քեզ, կաշին ու ոսկորը՝ ինձ»: Այսինքն՝ պատժելով, տանջելով արդյունքի հասցրու:  Այսպիսին էին ընդունված բարքերը:

Եվ օրերից մի օր Երևանի արքունի դպրոցի տեսուչ Խաչատուր Աբովյանը այցելում է այդ դպրոց: Խեղճ Շապուհ վարժապետը, ուսուցման այլ մեթոդներ չիմանալով, էս ավելի է բարկանում երեխաների վրա, ստիպում նրանց քարացած նստել՝ ասելով.« Ուղղվեցե′ք, կարգի ընկե′ք, փայտի նման տեղներդ չորացե′ք, վայր թափեցե′ք, Երևանի թագավորական վարժարանի մեծն եկել է, հենց հիմի էստեղ կլինի, ձեզ հարցմունքներ  կանի, վայ նրան, ով որ մի տառում սխալվել է, ճիպոտի տակին կմահացնեմ....»:
Աբովյանը երեխաների միամիտ խոսքից հասկանում է ամեն ինչ և որոշում իր օրինակով ցույց տալ, թե ինչպես պետք է սեր արթնացնել երեխաների մեջ, ինչպես պետք է ձևավորել երեխայի առողջ մարմնում առողջ հոգի: Դիմելով երեխաներին՝ ասում է. «Երեխա′յք, եթե ես խնդրեմ վարժապետից, որ այսուհետև ձեզ չծեծի, խոստանու՞մ  եք, որ միշտ դասերդ լավ պատրաստեք, -դրական պատասխան ստանալով՝ ասում է -Դե′հ, ուրեմն, միամիտ կացեք, այսուհետև ծեծը վերանում է ձեր միջից»:

Երեք օր այցելելով դպրոց՝ երեխաներին տարբեր ուսումնական խաղեր է սովորեցնում, ինքն էլ խաղում է նրանց հետ՝ վարժապետին ստիպելով, որ իր օրինակին հետևի: Երեխաներին տանում է գետն ու ինքն էլ նրանց հետ լողանում: 4-րդ օրը 70 երեխաներ ու գյուղի կեսը ուղեկցում են սիրելի ու թանկագիին հյուրին: Պռոշյանը գրում է. «Եթե նա մեզ չկանգնեցներ, մենք պատրաստ էինք ուղեկցել մինչև Երևան: Ամենքիս մեկ-մեկ համբուրելով, յուր հրաժեշտը տվեց այս խոսքերով.
— Երեխա′յք, ձեր վարժապետն ինձ խոստացել է այսուհետև ծեծը բոլորովին վերացնել, ամառվա շոգերին միայն առավոտյան և երեկոյան հով ժամանակը պարապել, մյուս ժամանակներին ազատ եք, խոստացել է ամեն օր երեկոյան դեմ ձեզ լողալու տանել, օրական երկու ժամ խաղացնել: Բայց, երեխա′յք, եթե որևէ խնդիր ունենաք ինձ դառնալու, իրավունք  եմ տալիս գրավոր դիմելու. ես Երևանի  թագավորական ուումնարանի տեսուչն եմ, ձեր  թուղթն ուղղակի ուսումնարան ղրկեցեք. մի′ քաշվեք, ես ինքս էլ գյուղացի եմ, Քանաքեռ գյուղիցն եմ. իմ անունս է Խաչատուր Աբովյանց:
—Աստված կյանք տա~, շատ շնորհակալ ենք,- ձայն-ձայնի տվինք մանուկներս:
Նա ձի նստեց և հեռացավ:
Բլրի հետևն էր անցել Աբովյանցը, իսկ մենք մեր կեցցեները դեռ չէինք դադարեցրել:
Գնաց հայ ազգի նոր գրականության լուսատու աստղը` հանրահռչակ Խաչատուր Աբովյանցն և մեր սիրտը հետը տարավ....»:

Գերմանացի Պարրոտը բացառիկ ուսուցչի օրինակ էր։ Դորպատում ուսման սկզբնական շրջանում Աբովյանը բավական ամաչկոտ էր, ասում էր, որ իրեն դու-ով դիմեն, իր մասին ասում էր «ես՝ նվաստս»․․․ Մի օր Պարրոտը նրան հրավիրում է իր աշխատասենյակ և ասում, որ «դուք»-ով դիմելը ոչ թե նրա և իրենց միջև տարբեություն դնելու, այլ հարգանքի նշան է Աբովյանի լույսի և արածի հանդեպ, որ նա, թողնելով իր տունն ու տեղը, պանդուխտ է դարձել, այնտեղ սովորում է, որ այդ լույսը գիտությամբ փոխարինի և բարձրացնի օտարի լծի տակ կքած, բայց հզոր անցյալ ու արժեքներ ունեցող  հայ ժողովրդին։

Դորպատում Պարրոտը ցանկանում էր ուսանելիք առարկաների հետ նաև Աբովյանին   վիրաբուժություն սովորեցնել,  Աբովյանը դա լուրջ գիտություն չէր համարում և ուզում էր այդ ժամանակն օգտագործել այլ գիտելիքներ ձեռք բերելու համար։ Պարրոտը նրան հայրաբար խրատում է.
«Դուք ջանացեք ուսանել այն ամենը, ինչ անհրաժեշտ է մի ուսուցչի ու մի այնպիսի ժողովրդի համար, ինչպիսին Ձեր ազգն է: Ձեր երախտիքը անմոռաց ու հավիտենական կլինի ձեր ազգի սրտում, եթե տարածեք այն ամենը, ինչ անհրաժեշտ է նրա սկզբնական կրթության  համար․․․ Մի ազգ լուսավորելն ավելի նախանձելի է և դարեդար անմոռանալի, քան ամեն բան իմանալը»:

Աբովյանի առաջին սերը քանաքեռցի Սոնան էր։ Աղջիկը մերժում է Աբովյանին պատճառաբանելով նրա հոգևորականի կարգավիճակը։ Դորպատում սիրահարվում է Ադելաիդային, որն իր պրոֆեսորներից մեկի դուստրն էր։ Պատրաստվում էին ամուսնանալ, բայց չի հաջողվում։ Ապագա կնոջ՝ Էմիլիե Լոզեի հետ ծանոթանում է Թիֆլիսի գերմանական գաղութի հետ իր շփումների ժամանակ։ 39 թ․ հոգևոր կոչումից հրաժարվելով ամուսնանում է Էմիլիեի հետ։ Ունենում են երկու զավակ՝ Զարմանդուխտն ու Վարդանը։

Աբովյանի անհետացման բազմաթիվ վարկածներ կան։ Դրանցից մեկն այն է, որ նրան սպանել է իր թուրք հարևանը, որին ինքը պարքով փող էր տվել ու հաճախ էր հյուր գնում։

2-րդ վարկածը, որ փորձում էին Աբովյանի այրուն համոզել այն էր, թե Աբովյանը իրեն Զանգու գետն է նետել, անգամ ինչ-որ իրեղեն ապացույցներ էին ներկայացրել, որոնք հետագայում կեղծ են դուրս գալիս։

Որոշ պատմաբաններ պնդում են, որ ցարական գաղտնի գործակալները նրան ձերբակալել ու Սիբիր են ուղարկել։ Այս տարբերակն առավել տրամաբանականն է թվում, որովհետև Աբովյանի այրին ստացել է պետական նպաստ, իսկ դա արվում էր, երբ ընտանիքից աքսորյալ  էր լինում։